本處設5個科，辦理中央政府特種基金預算籌編事宜、各基金預算審編、預算執行之監督、預算相關法規及作業規範之修訂、督導主管機關監督財團法人、信託基金及行政法人預算編製及執行、督導各地方政府附屬單位預算之編製及執行相關事宜。
一、審編特種基金預算
為提升預算編製品質，發揮預算管理功能，審慎嚴密規劃特種基金年度預算之籌編。首先研提增進特種基金經營效能之建議，作為行政院訂定施政方針之參考。再擬訂國營事業計畫總綱，陳報行政院核定後分行各事業主管機關，據以擬訂其事業計畫。並訂頒中央政府總預算附屬單位預算編製辦法及共同項目編列作業規範，作為各基金編製程序及共同項目編列之準據。對於特種基金預算之審核，係本基金自主精神，合理核列特種基金之盈餘目標及重要投資目標等為原則，並配合政府財政需要，妥訂盈（賸）餘繳庫之額度。
二、完備特種基金預算制度
特種基金預算制度與政府資源使用效率息息相關，為提升效率，按基金屬性分為國營事業、作業基金、債務基金、特別收入基金及資本計畫基金，並採用不同編製原則及預算書表等，以彰顯基金之特性及施政重點，並進一步按基金類型
綜計，使特種基金預算制度更臻完備。。
三、建立自償性公共建設預算制度
為加強推動公共建設，建立「自償性公共建設預算制度實施方案」，將以往編列於總預算、特別預算辦理之具有自償性之公共建設計畫，應優先檢討以鼓勵民間投資為原則，以減輕政府之財政負擔。對於民間不願意投資而其自償比率達百分之二十以上或自償金額在十億元以上之計畫，為落實執行機關自籌經費之能力及強化工程成本控制觀念，統由政府指定之特種基金編列附屬單位預算辦理。其所需資金，非自償部分，由政府編列總預算或特別預算撥入該指定之基金，或依公營事業移轉民營條例第15條第2項規定，由公營事業移轉民營政府所得之資金撥入；至於自償部分，則由該基金以舉債等方式自籌。
四、健全特種基金預算管理法規
為健全特種基金預算管理法規，有效監督其預算執行，並增進政府整體財務資源運用效率，辦理下列項目：落實中央政府特種基金管理準則，督促各主管機關切實依該準則中有關特種基金設置、合併、收支等通案性及原則性之規定辦理；訂(修)定收支保管及運用辦法，作為個別基金處理收支之細部依據；修訂「中央政府附屬單位預算執行要點」，作為各基金預算執行之依據；修訂「中央政府特種基金參加民營事業投資管理要點」，作為各基金投資管理之依據。
五、監督特種基金預算之執行
特種基金預算之執行，主要係依預算法、會計法及中央政府附屬單位預算執行要點等規定辦理。各基金預算，經立法院審議通過後，即依業務情形，編造分期實施計畫及收支估計表，送請主管機關核定，俾作為執行與考核依據。為提高預算執行績效，推動實施責任中心制度，客觀考評各責任中心之績效，作為各事業核發績效獎金之依據。
六、監導直轄市及縣（市）政府附屬單位預算之編製及執行
為助於政府預算資料之分析比較及應用，整合訂定直轄市及縣（市）地方總預算附屬單位預算編製要點、共同項目編列基準及預算執行要點，並持續掌握各地方政府預算編製、審議及執行情形，協助解決相關問題與困難。
七、監導主管機關監督財團法人、信託基金及行政法人預算編製及執行
為使政府捐助之財團法人預算之編製及執行，暨信託基金及行政法人預算之編製有一致性規範，訂（修）定「財團法人依法預算須送立法院之預算編製注意事項」、「財團法人預算未獲立法院審議通過時之執行注意事項」、「信託基金預算編製注意事項」及「行政法人依法預算須送立法院之預算編製注意事項」等，作為其遵循之依據，並督促主管機關依規定將預算書或營運及資金運用計畫送立法院，俾落實主管機關監督管理之責。