本處設4個科，分別辦理會計法相關法規研修、制訂政府會計共同規範公報、追蹤及控管預算執行、編製中央政府總決算暨附屬單位決算、中央政府總預算半年結算報告暨附屬單位預算半年結算報告、核定各種會計制度、持續精進政府財務報導、強化內部審核機制及辦理會計業務訓練等業務。
一、會計法相關法規研修
為配合政經環境之大幅改變，檢討修訂會計相關法規，另為使我國政府會計實務作業、會計報告內容及會計事務處理等，能符合世界潮流趨勢，並與國際作法及理論接軌，辦理中央總會計、普通公務單位會計制度之一致規定及會計處理作業簡化作業流程等之研修工作。
二、制訂政府會計共同規範公報
為加速我國政府會計的發展，辦理政府會計共同規範之訂定與修正事宜。目前已發布3項政府會計觀念公報及11項政府會計準則公報，將賡續推動政府會計共同規範公報之訂定，以提升政府會計水準。
三、追蹤及控管預算執行
為期迅速明瞭中央政府總預算（含附屬單位預算—營業及非營業部分）收支執行狀況，對於各機關預算收支執行情形，予以按月彙編、整理及分析並追蹤控管，並於本總處全球資訊網提供預算執行之相關資訊，使政府財政資訊更具公開、時效及易瞭解性。
四、編製中央政府總決算暨附屬單位決算、中央政府總預算半年結算報告暨附屬單位預算半年結算報告
依決算法規定，每一會計年度編造前一年度中央政府總決算暨附屬單位決算及當年度中央政府總預算半年結算報告暨附屬單位預算半年結算報告。透過半年結算及決算之公告，達到財務公開取信於民之目的。
五、核定各種會計制度
會計制度為各機關執行預算及會計處理等之準據，為使各類會計制度有效實施，本簡化審議及作業流程原則，加速核定會計制度，以為處理會計事務之依據。
六、持續精進政府財務報導
參酌專家學者之研究結果及政府會計理論之發展等，改進各類基金之會計作業，另配合基金預算體制之改革，研酌修改我國現行政府會計架構，並精進政府財務報導。
七、強化內部審核機制
為有效提升及確保政府會計工作之品質，訂定「支出標準及審核作業手冊」，將各項會計憑證之認定標準、經費報支標準及內部審核步驟等加以明確規範，以提升會計作業之品質，並作為新進主計人員之訓練教材及主計人員辦理內部審核工作參考工具。
八、辦理會計業務訓練
為使主計同仁對於決算、會計處理、內部審核及會計制度等業務有所瞭解，辦理相關研習課程，並指派人員不定期參與各縣市政府舉辦講習班之課程講授，以強化主計人員在職訓練。