附屬單位預算自籌編至執行完畢，約需2年。該期間內，常因國內外市場狀況或經營環境之變遷，必須增加辦理若干業務，常導致原有預算內容與實際狀況脫節，亦造成原有預算無法或不敷支應業務變動所產生之額外經費需求，必須謀求因應之道，以免囿於既有預算，而阻礙業務推展，間而影響事業經營績效。預算法第88條爰規定，附屬單位預算之執行，如因經營環境發生重大變遷或正常業務之確實需要，報經行政院核准者，得先行辦理，並得不受第25條至第27條之限制。但其中有關固定資產之建設、改良、擴充及資金之轉投資、資產之變賣及長期債務之舉借、償還，仍應補辦預算。每筆數額營業基金（即國營事業）3億元以上，其他基金（即非營業特種基金，包括作業基金、債務基金、特別收入基金及資本計畫基金）1億元以上者，應送立法院備查，俾因應上開業務需要。至補辦預算之方式，85年度以前，各事業先行墊款辦理事項，均先以暫收、暫付或未完工程科目列帳，俟以後年度完成補辦預算程序後，始轉列正式收、支、固定資產及轉投資等科目，補辦預算之金額則直接計入補辦年度之預算數額內，導致前後年度之財務報表與一般公認會計原則不合，迭遭外界批評。立法院審議預算時，亦曾提出附帶決議，以當時補辦預算方式，有違一般公認會計原則，建議研究改進。故自86年度預算起，各項先行墊款辦理事項於實際執行後，即依一般公認會計原則以適當科目列入年度決算辦理，並於補辦預算之年度，於各附屬單位預算書「業務計畫及預算概要（或說明）」內，採專項說明方式表達，不再計入補辦預算年度之預算內。至於附屬單位預算綜計表，則於相關之綜計表或參考表，作附註說明。自88年度預算起，為求進一步改進，除在各附屬單位預算書之「業務計畫及預算概要（或說明）」項下「補辦預算事項」作專項說明，並增列「補辦預算明細表」外，同時在綜計表之個別基金「分析及說明」內，專項針對各基金補辦預算之項目及內容，作較為詳細之交代與說明。為使特種基金之補辦預算更為嚴謹，除要求各基金，應確係不及編入年度預算，且因經營環境發生重大變遷或正常業務之確實需要，並經主管機關確實審核者，方得依規定補辦預算，另營業基金每筆數額3億元以上者，以及非營業特種基金每筆數額1億元以上者，均依規定於每年7月及12月分2次列表彙總函送立法院備查，立法院得於各事業補辦預算前充分監督。