1. 先期審查:為強化各基金計畫與預算編審程序及各類重要經建投資之審議,對於重要社會發展、重大公共建設及科技發展計畫,依「行政院重要社會發展計畫先期作業實施要點」、「政府公共建設計畫先期作業實施要點」及「政府科技發展計畫先期作業實施要點」之規定,應先送請國家發展委員會及科技部審議。
2. 預算審查:各基金之盈(賸)餘(營運)目標、營業(作業收支)、基金來源用途、繳庫、員額、出國計畫、固定資產投資計畫、作業收支、基金來源用途、餘絀及繳庫等項目,除部分專案項目依權責機關核定結果編列外,均由行政院主計總處會同行政院相關業務處、人事行政總處、國家發展委員會、公共工程委員會及財政部等機關審查。
3. 提報年度計畫及預算審核會議:上述1.、2.項審核結果,經提報行政院年度計畫及預算審核會議審議後,由行政院核定各基金預算。