自民國八十九年五月二十日中央政府改組以來，本院即依據施政方針及施政計畫，著手籌編本（九十）年度中央政府總預算案，經本院於八十九年八月三十一日以台八十九忠授一字第 13446號函送貴院審議在案。茲因同年十月四日本院內閣再次改組，為尊重貴院朝野黨團協商結論，爰於十月六日提經本院第2702次會議決議後，由本院於十月七日以台八十九忠授一字第 14920號函予以撤回重編，現已完成重新檢討調整作業，並編製完成，爰再送請貴院審議。
鑒於九十年度在面對近 2.5兆元龐大債務，財政收入又未獲有效挹注，以及九二一震災重建工作亟待持續推動等不利情勢下，使得整體預算的安排編製較以往年度更為困難。為有效控管政府收支規模，合理分配全國資源，並兼顧經濟成長與財政穩健，原編定之中央政府總預算案已本著零基預算的精神，全面檢討原有及新增計畫的優先順序，以為因應，其能再行調整之空間非常有限。惟為適度反映最新政經情勢，因應「經濟優先」之政策，並加強照顧離島、原住民及農漁民等所需，爰在歲入歲出總額與收支差短仍維持不變原則下，酌作必要之調整，調整結果與原送總預算案比較，除歲入部分仍維持原編總額及內容不予調整外，歲出部分主要為減列總統與副總統待遇 882萬元，公務人員、勞工及農民參加全民健康保險政府應負擔之保險補助費40億 0,136萬元及各部會檢討可再撙節或暫緩編列經費13億8,970萬元等，合共53億9,988萬元，另主要增列項目，包括大高雄地區自來水後續改善工程與南化水庫及高屏堰聯通管路計畫 7億元，受損公路橋樑重建及改善工程10億元，台灣地區西部走廊東西向快速公路建設、西部濱海
快速公路工程計畫及公路系統改善18億元，原住民地區安全堪虞部落整治計畫5,000萬元，補助直轄市發放幼兒教育券6億元，提高國小教師編制員額經費 7億元，增撥離島建設基金2億元及農業發展基金2億5,000萬元等，合共53億8,400萬元。
現經重新檢討編成之本年度中央政府總預算案，歲入為1兆4,585億元（不含融資調度財源），較八十八年下半年及八十九年度折算一年（簡稱八十九年度，以下同）相同基礎之1兆3,604億元，增加 981億元，年增率7.2%，歲入占國民生產毛額（GNP）比率13.7%，較八十九年度13.8％略降。最近兩年度中央政府歲入雖已納編原臺灣省政府之歲入，但其占 GNP之比率仍較七十九年度（不含省府）高峰時期之16.7%顯著下降，益使政府財政日趨困難。總預算歲出 1兆6,082億元（不含債務還本），較八十九年度1兆5,132億元，增加 950億元，年增率6.3%，其占GNP比率由八十九年度之15.3%降為 15.1%（均含省府歲出），政府歲出規模續呈緊縮狀態，較八十一年度（不含省府）高峰之17.5%下降2.4個百分點（每下降一個百分點相當減少預算規模 1,062億元），整體施政財源明顯受到侷限，亟待籌謀因應。
本年度總預算歲出規模雖已儘力抑制，但歲入歲出相抵收支差短仍達 1,497億元，較八十九年度差短1,528億元略降，連同到期債務還本2,557億元，合共4,054億元，將以發行公債及賒借 2,600億元（占預算總額14.4%）、移用以前年度歲計賸餘 454億元予以彌補，其餘不足部分則移由債務基金調度還本。在債務累
積方面，因籌措九二一震災財源增加債務 800億元及承接糧食平準基金裁撤後之債務932億元，中央政府債務餘額將累積至2兆6,570億元，占前三年度平均GNP的28.2%，仍在公共債務法規定之41.4%範圍內，整體財政尚稱穩健。
本年度歲出預算額度雖增加 950億元，但因依法律義務必須增加之支出，如健、公、勞、農保保費補助與虧損彌補，民營化員工權益補償及釋股費用，實施兵役替代役，撥充農業發展基金及離島建設基金等共需 2,217億元，較八十九年度增加879億元，已接近歲出所增加950億元額度，剩餘財源可供新增政事之用者非常有限，故九十年度為配合政策所必須增加之支出，如教育改革行動方案，成立統一發包中心及行政執行處等單位，自來水水質改善，九二一震災重建，三歲以下兒童免費醫療，發放幼兒教育券等，共需增加 1,886億元，必須仰賴檢討撙節各項支出予以支應，如通案刪減加班值班費、委辦費、旅費、作業維持費等 285億元，以及本零基預算精神，檢討調整原有計畫經費，刪減一次性、無繼續性支出，合共 1,530億元予以挹注，顯示本年度中央政府總預算案在財政極為緊絀情形下，已初步達成撙節消費性支出及提升施政計畫效益之目標。
本年度中央政府財政雖較以往年度困難，但對於配合當前施政重點所需經費，包括鞏固國防安全、掃除黑金、加強文教科技、加速災區重建、促進經濟發展、提升全民福祉及紓解地方財政困難等所需經費，均予優先考量編列。就各項政事別支出觀察，以社會福利支出編列2,984億元為最多，較八十九年度增加20.0%，主要係各項保險補助及虧損彌補經費大幅增加 589億元所致，其占歲出比率亦由16.4% 驟增至18.6%；教育科學文化支出編列2,619億元居次，較八十九年度增加8.4%，占歲出比率亦由16.0%提升至16.3%；國防支出編列 2,499億元居第三，較八十九年度增加6.7%，占歲出比率為15.5%；經濟發展支出2,392億元，尚較八十九年度擴大內需經建支出高峰時期之 2,385億元，增加 7億元，占歲出比率為
14.9%；社區發展及環境保護支出編列225億元，較八十九年度減少28億元，主要係環保署興建垃圾焚化廠工程高峰已過，減少編列相關經費達76億元所致（詳請參閱總說明參、總預算案籌編經過及主要內容，肆、總預算案之重點分析）。
為落實地方自治，回歸財政收支劃分法之精神，並健全中央對地方政府之補助制度，以提升政府整體資源之使用效益，本年度乃就中央原編列對地方之計畫型補助款予以重新檢討，將其中屬於補助地方政府經常性支出、基本設施或小型建設等經費，調整作為對地方政府一般性補助款之財源，經檢討結果計調整 605億元，併同考量地方政府實際需要，共編列對臺灣省各縣市之直撥補助款 880億元，如再加計保安警力移撥縣市之人事費補助34億元及九十年度調整待遇補助經費58億元，合共編列 972億元，已大幅提升地方財政預算自主能力。另為建立透明化補助制度，促使地方政府妥善運用中央補助款，本院並已訂定「中央對直轄市及縣市政府補助辦法」。該辦法對各縣市政府施政計畫執行效能、預算執行情形及相關開源節流績效等，將予嚴謹考核作為增減補助款之依據。至於原編符合財政收支劃分法所定計畫型補助項目，則仍維持由中央各部會續予編列，九十年度並依各項重大建設實際需要編列706億元，較八十九年度增加98億元。
以上補助款連同離島建設基金對地方補助32億元，總計本年度中央對地方補助款將高達 1,710億元，對於挹注地方財源收入，賡續推動國家整體建設，均衡區域發展，應具有相當之助益。以上補助制度變革對落實地方自治，以及充裕地方財政的理想，均足以產生正面的效益。
根據以上歲出編列結果，依總資源供需估測模型推估，預測九十年度 GNP將首度跨越10兆元關口，達新臺幣10兆 6,242億元，折合 3,393億美元，平均每人GNP達1萬5,227美元，較八十九年度增加近800美元，國民所得水準將賡續提升，經濟成長率可望達到6.2%之中高水準，進出口貿易總額亦首度突破三千億美元，而國內物價則仍維持穩定，消費者物價可望控制在2%以內。綜上顯示本年度預算案之編製，確已能秉持促進經濟成長，謀求財政穩健，同時兼顧法律義務所規範事項，配合推動各項重大施政工作，以提升國家整體競爭力，引導國家邁向永續發展之境。
本年度中央政府總預算案籌編作業時程，受新政府內閣改組影響，籌編作業極為緊迫，雖已採取若干節約措施，並積極檢討現有施政計畫之成效，但仍難全面性就相關問題及時加以調整因應，為謀國家長遠賡續發展，並彰顯廉能政府應有之施政作為，未來將就下列財政及預算等相關問題，責由各主管機關持續進行改革工作，俾使未來年度預算之編列，能夠更精實，並展現新的面貌。
一、健全稅制並加強稽徵
近年來由於國內經濟成長速度減緩，稅收增加不如往昔，再加以政府為持續經濟發展，採取各項租稅減免措施，導致國民賦稅負擔率（稅收占 GNP之比率）由八十一年度18.6％逐年下降至八十九年度14％，本年度更降至 13.4%，遠低於大多數國家。賦稅負擔率持續下降，亦導致政府施政所需財源漸趨困窘，歲出規模日益緊縮，不僅對政府整體施政產生影響，亦不利於財政之健全與穩定。因此未來應積極通盤檢討稅制、加強稽徵，俾有效開拓財源，謀求社會公平正義。
二、檢討緊縮經常性支出
本年度在採行經常性支出緊縮措施之後，總預算經常支出計列1兆3,349億元，而經常收入為1兆3,929億元，經常收支互抵賸餘 580億元，雖較八十九年度之 425億元略有改善，但仍不及前三年度平均水準之半數。近兩年來因納編省府預算，致經常收支賸餘急速下降，經常收支賸餘占經常收入之比率由八十八年度之20.2％驟降至九十年度之 4.2％，足見當前財政收支已面臨失衡之威脅，唯有賡續撙節經常性支出，並積極開拓經常性財源，方能維持長期財政的穩健。
三、推動政府組織再造
以往本院雖曾實施員額精簡措施，惟近年來新機關仍陸續成立，員額亦不斷膨脹，加以精省之效益尚未完全顯現，致各級政府人事費負擔均呈上升趨勢，以中央政府為例，九十年度各機關所編列人事費連同調整待遇所需經費將達 4,430億元，占總歲出比率為 27.5％，較主要國家平均在20%左右為高，為免因人事費負擔過重，導致預算結構僵化，唯有加速政府組織再造工作，以提升政府整體行
政效能，方能減輕政府人事費負擔。
四、全面檢討社福措施
近年來各級政府社會福利支出持續增加，且對所辦各項保險多未能建立社會保險財務責任制度，導致虧損日益擴大，均需仰賴國庫填補（如農保累計撥補虧損數達 899億元），社會福利支出因而急速膨脹，以中央政府總預算為例，九十年度編列之社會福利支出已近 3,000億元，較八十年度之696億元遽增3.3倍，遠較同期間中央政府總預算歲出成長1.1倍為高，致其占歲出比率由8.9％增至18.6％，已對各項政事與建設產生排擠效應，亟需澈底檢討現行各項社會福利措施，以建立社會保險自給自足機制，維持長期保險財務收支平衡之目標。
五、整頓及改造虧損國營事業
八十九年度國營事業中呈現嚴重虧損之單位，如中興紙業、臺機、中船、臺汽、臺鐵等，均係推動民營化之對象，惟截至目前，均因虧損嚴重（至89年 6月累計虧損 779億元），經營日益艱困，迄未能有效執行民營化工作，而每年度均請求國庫挹注大量資金予以紓困，實需澈底加以檢討，儘速研提整頓或改造方案，以提升經營績效，俾免財務更趨惡化，加深對整個社會、經濟以及政府財政之不利影響。
以下再就經濟發展情勢之檢討與預測暨財政收支之推估、總預算案籌編經過及主要內容、總預算案之重點分析、附屬單位預算之主要內容以及預算籌編重要相關事項等說明如次。