本處設5個科，分別辦理主計資訊應用服務之整體規劃與推動、主計資訊共同規範之研議、主計共通性資訊系統之發展與管理、主計資訊服務網之發展與推動、主計資訊整體維運與資通安全之規劃管理、資訊技術發展運用之研究等業務。
一、主計應用資訊服務之規劃、協調與推動
配合政府主計業務之推動及施行，擘劃「深化主計資訊應用，增進資訊服務價值」、「精進主計資訊管理，提升資訊服務效能」願景，參採資訊科技前瞻趨勢，規劃制定主計資訊應用服務之整體策略、發展目標及共同規範，跨域協調機關間之資訊整合及交換，期透過優質化資訊應用與服務之發展及推動，增進主計業務效能，以達成政府整體施政目標。
二、主計共通性軟體系統之發展及管理
為強化主計資訊管理並提升資訊服務效能，依據主計業務共同性相關法規與制度，統一規劃開發中央、地方政府之公務、特種基金歲計會計資訊管理系統及全國主計人員人事資訊系統等共通性資訊系統，並推廣各主計機構使用，以達成撙節開發經費、增進資源共享之目的，並建構標準化作業流程，有效提升政府財務管理效率與品質。
三、主計資訊服務網之發展及推動
順應資訊科技發展趨勢，持續創新及推動主計業務之各項網路應用，陸續建置本總處全球資訊網（WWW）、行政知識網（AKM）及全國主計網（eBAS）等服務網站，型塑全方位之網路應用服務網，藉由行政流程電子化、訊息流通網路化、經驗傳承平台化，資訊服務便民化，促進全國主計人員、民眾之參與及溝通，並提升主計行政效率及資訊服務品質。
四、主計共通性資訊系統之維運與管理
為提升電腦資源運用效能及資訊應用價值，主計資訊系統整體維運環境之穩固係為重要基石，除賡續電腦主機系統、機房設施及網路等相關資源之維運管理，以及個人電腦、資訊資源之技術諮詢與發展管理外，另為達成資源整合共享，並撙節資訊系統開發及維運成本，以建構主計雲端營運中心為發展藍圖，循序建置主計共通性資訊系統之集中維運環境，提供各主計機構透過網路使用共通性資訊系統，作為主計業務應用之雲端平台。
五、資通安全之規劃與管理
為確保主計資訊之永續維運及優質服務，統籌本總處及主計共通性資訊系統資通訊安全管理之整體規劃與推動，辦理重要系統營運持續計畫演練、資安稽核、系統防護等各項資安策進作為及個人資料保護業務，以提升資安監控、應變能力及防護量能，增進整體業務運作之安全，並辦理資安宣導及訓練相關課程，強化人員資安意識。