本處設4個科，分別辦理主計制度之規劃研究、行政管考之綜理彙辦、政府內部控制業務之綜合規劃及督導相關事宜。
一、規劃研究主計政策制度
為因應國家政經環境變遷與政府整體運作需求，持續精進主計政策與制度，辦理主計政策、法令及措施之研擬、規劃與協調，以及主計制度之綜合規劃與研究發展工作。
二、綜理彙辦行政管考業務
為增進本總處之政策評估及考核等業務量能，辦理施政規劃、管制考核、法制管理與重要會議之綜合彙辦，以及其他有關綜合業務工作。
三、規劃研究政府內部控制業務
為強化我國政府內部控制機制，賡續蒐集、研究國內外政府部門與企業等內部控制相關理論發展與實務運作情形，以綜合規劃及研(修)訂政府內部控制制度相關規範與作法。
四、推動督導政府內部控制業務
為發揮政府內部控制業務之縱向與橫向統合功能，透過「行政院內部控制推動及督導小組」平台，督促各主管機關檢討改善現存缺失、提報重要議題並督導所屬機關有效落實執行內部控制工作。