依預算法規定，營業基金（國營事業）及非營業特種基金（包括作業基金、債務基金、特別收入基金及資本計畫基金）所編之附屬單位預算，僅以少數特定預算與總預算發生關聯。這些特定項目，除政府以委託及補助方式交由各基金辦理之業務應撥付款項外，依預算法第86條規定，營業基金附屬單位預算應編入總預算者，在歲入預算部分，僅有盈餘之應解庫額及資本之收回額兩項；在歲出預算部分，僅有資本由庫增撥額及虧損之由庫撥補額兩項；非營業特種基金附屬單位預算應編入總預算者，在歲入預算部分，僅有賸餘之應解庫額及基金之收回額二項；在歲出預算部分，則僅有基金之由庫增撥額及短絀之由庫撥補額二項。例如，營業基金附屬單位預算編列應繳庫之股息紅利，在營業基金為其盈餘分配之結果，在總預算則應列為其歲入之一部；再如，國庫對營業基金之現金增資，在總預算應列為其歲出之一部，而在營業基金則列為資金來源之一。至於非營業特種基金附屬單位預算與總預算關聯情形，亦復相同。