以往對於非營業特種基金預算內容之表達，均採用作業基金之方式編列預算，並據以執行。有鑒於不同類基金間之屬性不同，其財務報表之衡量焦點亦有所區別，故自92年度起，行政院參酌專家學者之研究結果、政府會計理論之發展及預算法之規定，改進非營業特種基金之預算作業，其預算內容之表達如下：
(一) 作業基金部分：維持原有之經濟資源流量觀念編製預算，其預算內容為：
1.作業收支之估計。
2.固定資產之建設、改良、擴充與其資金來源及其投資計畫之成本與效益分析。
3.長期債務之舉借及償還。
4.資金之轉投資及其盈虧之估計。
5.餘絀撥補之預計。
(二) 政事型特種基金部分：採當期資源流量觀念編製預算，將各該基金當期一切收支及基金餘額預計變動情形，均編入「基金來源、用途及餘絀預計表」，並本固定帳項分開原則，另行設立帳類管理固定資產、權利、長期債務及資金轉投資等長期固定帳項。