政府預算編製程序，在憲法、預算法及其他相關法令中，已有明確規定，九十四年度總預算案仍依序辦理，茲將籌編過程中較重要之作業情形及主要內容，簡要說明如次：
一、籌編經過
(一)配合行政院九十四年度施政方針，制定預算政策：
依據行政院九十四年度施政方針，政府施政將以下列六大事項為施政重點：
1.加強兩岸交流合作，推動全民外交，鞏固國家和平安全。
2.加速經濟轉型升級，深化創新研發能力，厚植產業發展潛能。
3.繼續推動金融與財政改革，健全農業金融體系，提升國家資產運用效率。
4.建立終身學習教育網站，發展文化創意產業，型塑運動休閒文化。
5.重整政府組織職能，擴大地方分權自主，營造陽光政治環境。
6.完備社會安全網絡，維護社會公平正義，營造永續發展環境。
九十四年度中央政府總預算案之籌編，在中程預算收支推估之基礎下，配合上述施政方針，參據國內外經濟情勢各項指標，與公共債務法對舉債額度限制，本儘量撙節消費性支出，以容納各項施政重點所需，並兼顧財政穩健之原則，妥慎檢討編製。又由於歲入財源不足，歲出無法有大幅成長空間，且因償債與依法律義務必須編列之支出比重居高不下，為因應當前國家發展重點計畫，及為維持政府經常收支之平衡，必須各機關共體時艱，本著零基預算精神，檢討調整原有及新增計畫之優先順序，厲行各項開源節流措施，始能因應。
(二)審酌財經情勢，訂定預算籌編原則：
為妥善運用國家整體資源，並使各級政府處理預算收支有所準據，依照預算法規定及上述預算政策，訂定「九十四年度中央及地方政府預算籌編原則」，其主要規定如下：
1.政府預算收支，應本中央、地方統籌規劃及遵守總體經濟均衡之原則，審度總資源供需估測顯示之趨勢，並依行政院核定之財政改革方案，加強開源節流措施，嚴密控制收支差絀。
2.政府預算收支應先期作整體性之縝密檢討，各機關須確立施政目標，衡量可用資源訂定具體計畫，並排列優先次序，落實中程計畫預算作業制度。
3.重要公共工程建設及重大施政計畫，應先行製作選擇方案及替代方案之成本效益分析報告，凡經評估適宜由民間辦理之業務，應優先由民間興辦或促進民間參與。
4.加強對公有財產與各類特種基金之經營管理及其他新財源之開闢，以期提升資源運用效益及增加政府收入，供作推動各類公共建設之財源。
5.中央及地方政府總預算案連同特別預算之歲出增加幅度，以不超過歲入之成長率為原則。
6.政府支出以施政方針為優先重點，兼顧地區均衡發展，加速推動各項公共建設，落實預算執行效益，以促進經濟穩定成長。
7.各項社會福利措施之推動，應本兼顧政府財政負擔、權利義務對等及社會公平正義等原則，審慎規劃辦理。
8.中央及地方政府功能、業務、組織及員額，應配合政府改造、公營事業民營化、行政法人化、業務委託外包、移轉地方及民間等政策確實檢討，力求精簡。
9.凡具有共同性質之支出項目及社會福利措施，應依法律規定或行政院核定之ㄧ致標準編列預算。直轄市預算共同性費用編列基準與各縣（市）預算之編製及執行，由行政院統籌訂定一致規範或準用中央法規。
10.各機關印刷、刊物、油料、會議、辦公器材、加班、委辦計畫及國內、外出差等一般經常性支出，應本緊縮原則確實檢討編列。中央及地方政府車輛配置及車種，應依一致標準，除依法律增設機關始得新增車輛，與部會首長、副首長等符合一定條件車輛得依實際需要辦理增購或汰換外，均暫緩編列。
11.中央政府各機關預算項下所編列對地方政府補助款，應配合中央與地方事權之調整，確實檢討辦理。
12.營業基金應依公司組織及非公司組織國營事業機構存續原則，其他特種基金應依中央政府非營業特種基金存續原則，適時檢討各基金之整體營運績效及存續事宜，並配合編列有關之預算。
(三)統籌財力資源，分配主管機關歲出額度：
為期九十四年度中央政府總預算案之歲出規模能妥適分配予各主管機關編製概算，援例仍將作業程序分為兩個階段：
1.第一階段：持續採行八十四年度起推行之資源總額分配作業制度（即歲出額度制），以遏止歲出膨脹趨勢，改善財政，並加強預算編製內容，使與施政重點密切結合。又配合九十一年度起全面實施之中程計畫預算作業制度，本院於九十三年三月核定各主管機關九十四至九十七年度之中程歲出概算額度，嗣經各機關依照編列九十四年度概算報院。
2.第二階段：組成年度計畫及預算審核會議，檢討歲入、歲出及融資調度事項，並在既定施政目標下，審查各機關歲出概算數額及內容，是否符合第一階段所分配之額度與「中央各主管機關依中程計畫預算編製辦法規劃中程計畫與概算編審作業應行辦理事項」、「各主管機關中程歲出概算資源配置應行注意及優先辦理事項」及「中央各主管機關編製九十四年度概算應行注意辦理事項」等規定，至司法院主管部分，基於客觀、一致，並考量檢察及其他機關間平衡原則，經就有關員額、車輛、工程等相關經費通盤考量後，研議整體性建議意見，俾供 貴院審議參考。
(四)衡酌財政收支情形，妥適編定總預算案：
本年度中央政府總預算案經審慎籌劃檢討結果，歲入1兆4,027億元，歲出1兆6,356億元，歲入、歲出相抵差短為2,329億元，連同債務還本600億元，共需融資財源2,929億元，除移用以前年度歲計賸餘379億元外，尚需發行公債2,550億元予以彌平，編定總預算案。
二、歲入部分
九十四年度總預算案歲入編列1兆4,027億元（不含融資財源），較上年度預算數1兆3,494億元，增加533億元，增幅3.9％。茲將各項歲入來源別分配及其增減情形，簡要說明如下：
中央政府歲入編列情形表如附件一
(一)稅課收入
九十四年度共編列9,580億元，占歲入總額68.3％，較上年度預算數9,031億元，增加549億元，增幅6.1％，主要為增加所得稅259億元，營業稅96億元，證券交易稅67億元，貨物稅61億元，期貨交易稅48億元，菸酒稅24億元，遺產及贈與稅19億元；減少關稅25億元。
(二)營業盈餘及事業收入
九十四年度共編列2,716億元，占歲入總額19.4％，較上年度預算數2,924億元，減少208億元，減幅7.1％。主要係營業基金盈餘繳庫減少263億元，作業基金賸餘繳庫減少192億元，及投資收益增加247億元所致。
(三)規費及罰款收入
九十四年度共編列737億元，占歲入總額5.3％，較上年度預算數731億元，增加6億元，增幅0.8％。主要係增加各項證照費收入等所致。
(四)財產收入
九十四年度共編列820億元，占歲入總額5.8％，較上年度預算數639億元，增加181億元，增幅28.2％。主要係投資台銀等公司股本收回增加246億元，財產作價減少27億元；財產售價與租金收入減少38億元所致。
(五)其他收入
九十四年度共編列174億元，占歲入總額1.2％，較上年度預算數169億元，增加5億元，增幅3.1％。主要係高雄市政府收得之高雄都會區大眾捷運系統紅橘線路網建設計畫權利金收益，按中央出資比例繳回。
三、歲出部分
以下再就各項歲出政事別分配及其增減情形，簡要說明如下：
中央政府歲出政事別編列情形表如附件二
(一)一般政務支出
九十四年度共編列1,731億元，占歲出總額10.6％，較上年度預算數1,685億元，增加46億元，約增2.7％，其主要增減項目如下：
1.增列金融監督管理委員會運作經費6.2億元。
2.中央選舉委員會減列第十一任總統副總統選舉經費13.8億元及第六屆立法委員選舉經費12.2億元。
3.財政部減列關、稅務人員財務罰鍰獎金9億元。
4.法務部配合檢調、行政執行等業務新增員額，增列人事費6.5億元。
5.研究發展考核委員會增列建置安全資訊通信環境、營造英語環境及整合服務單一窗口等計畫經費6.5億元。
6.原住民族委員會增列部落永續發展計畫2.1億元及山地部落聯絡道路計畫2億元。
7.內政部增列警政精進方案17.2億元、全面換發國民身分證作業計畫10.7億元及警專增加招生、充實消防車輛及辦理中央災害應變中心內部設施工程等計畫經費7.2億元，並減列辦理總統、副總統及立法委員選舉治安維護專案經費3億元及替代役訓練中心計畫經費4.2億元。
8.外交部增列挹注中美洲經濟發展基金及推動加入世界衛生組織專案等計畫4億元，並減列駐紐約辦事處購置館舍經費4.8億元。
9.增列調整軍公教人員待遇準備經費19.1億元。
(二)國防支出
九十四年度共編列2,519億元，占歲出總額15.4％，較上年度預算數2,507億元，增加12億元，約增0.5％，主要係增列軍事人員人事經費32.8億元、情報及通資業務經費3.2億元及軍事人員調整待遇經費39.7億元，並核實減列軍事裝備購製及軍事工程經費51.8億元及政戰、教育訓練與補給修護業務經費11億元。
(三)教育科學文化支出
九十四年度共編列3,177億元，占歲出總額19.4％，仍居各政事別支出之首位，較上年度預算數3 ,065億元，增加112億元，約增3.7％，其中教育支出1,959億元，占61.6％；科學支出1,025億元，占32.3％；文化支出193億元，占6.1％。其主要增減項目如下：
1.教育部及所屬編列教育支出1,276億元，較上年度增加16.9億元，主要係增列補助及增撥國立大學校院校務基金13億元及捐助財團法人中小企業信用保證基金辦理學生就學貸款信用保證經費5.7億元，並核實減列降低國民中小學班級學生人數計畫經費8.1億元。
2.中央研究院增列辦理數理科學研究、生命科學研究及人文社會科學研究等計畫經費10.6億元。
3.國家科學委員會增列撥充行政院國家科學技術發展基金43億元、辦理台南園區高速鐵路減振計畫30.1億元、第二期太空遙測衛星5.5億元、擴建國家實驗動物中心3.7億元及新竹生物醫學園區、第二期太空寬頻通訊衛星與其他衛星等計畫經費6.9億元，並減列捐助財團法人國家實驗研究院與國家同步輻射研究中心所需研究用財產27.2億元、以前年度研發成果收入補撥科學技術發展基金7.2億元及太空華衛二號、三號計畫10.1億元。
4.經濟部增列共通領域中程綱要計畫9.9億元、主導性新產品開發與輔導計畫2.3億元及奈米與晶片系統國家型科技、平面顯示關鍵技術科技與生技製藥國家型科技等計畫經費10.4億元。
5.衛生署增列人用疫苗自製計畫3.2億元、國家衛生研究院醫藥衛生領域研究計畫經費2.2億元，並減列財團法人國家衛生研究院五年建院計畫經費19.8億元。
6.文化建設委員會增列建構台灣主體性推動計畫3.1億元、國立文化機構服務升級及台灣歷史博物館籌建等計畫5.2億元，並核實減列文化創意產業發展及網路文化建設發展等計畫經費5.1億元。
7.增列調整軍公教人員待遇準備7.9億元及補助台灣省各縣市政府教育人員調整待遇經費36.6億元。
(四)經濟發展支出
九十四年度共編列2,574億元，占歲出總額15.7％，較上年度預算數2,505億元，增加69億元，約增2.7％，其主要增減項目如下：
1.內政部增列生活圈道路系統建設計畫17.9億元、台北都會區快速道路系統整體發展計畫7.6億元、第二高速公路後續計畫交流道連絡道路系統改善、台南市五條港再生、二二八國家紀念公園開發等計畫經費8.7億元。
2.財政部減列對財團法人農業信用保證基金捐助9.7億元。
3.經濟部增列天然災害復建復育計畫17億元、寶山第二水庫工程經費7億元、撥充工業區開發管理基金7億元及筏子溪治理工程實施計畫經費6.1億元，並減列興建國際展覽館8.4億元、對財團法人中小企業信用保證基金捐助8.2億元及彌補中興紙業、台機公司民營化前累積虧損7.8億元。
4.交通部編列生活圈道路系統建設、鐵路行車保安設備改善、建設南北高速鐵路計畫政府應辦事項經費、高速鐵路站區聯外道路系統改善及第二高速公路後續建設計畫屬於非自償部分由國庫增撥數等195億元，較上年度增加107.5億元，並減列東部鐵路改善計畫、台灣地區西部走廊東西向快速公路建設、西部濱海快速公路工程等計畫經費67億元。
5.農業委員會增列天然災害復建計畫27億元、農業生物科技園區及鄉村新風貌等計畫經費20.7億元，並依法律規定新增投資全國農業金庫98億元，另減列漁業用油及用鹽補貼21.5億元、農田水利會會費補助20.3億元及獎勵休漁措施經費6.2億元。
6.農業委員會編列撥充農產品受進口損害救助基金235億元，較上年度減少15億元
7.補助臺灣省各縣市辦理交通建設與道路養護及道安計畫等經費98.5億元及各項基本設施等經費160.5億元，較上年度減少102億元。
(五)社會福利支出
九十四年度共編列2,891億元，占歲出總額17.7％，較上年度預算數2,819億元，增加72億元，約增2.6％，其主要增減項目如下：
1.財政部編列對公教人員保險養老給付補助286.9億元，較上年度減少17.5億元。
2.內政部補助農民參加農民保險保費及虧損填補58.7億元，較上年度增加13.8億元。
3.勞工委員會補助勞工參加勞工保險保費及業務費265億元，較上年度增加25.7億元及新增補助勞保局辦理勞工退休條例行政經費5.4億元。
4.司法院增列捐助法律扶助基金會基金及補助業務需求經費9.5億元。
5.內政部編列敬老福利生活津貼250.7億元，較上年度增加8.6億元，並核實減列三歲以下兒童醫療補助經費9.6億元。
6.國軍退除役官兵輔導委員會減列補助榮民就養生活費及榮民醫院人事費等15.2億元。
7.農業委員會編列老年農民福利津貼325.8億元，較上年度增加9.8億元。
8.補助各類人員參加全民健康保險保費及業務費906.5億元（不含編列於人事費項下之軍公教人員全民健保經費109.3億元），較上年度增加11.9億元。
9.補助臺灣省各縣市社會保險、社會救助及福利服務經費203.9億元，較上年度增加8.9億元。
(六)社區發展及環境保護支出
九十四年度共編列259億元，占歲出總額1.6％，較上年度預算數251億元，增加8億元，約增3.2％，其主要增減項目包括：
1.國防部核實減列增撥國軍官兵購置住宅貸款基金1億元。
2.內政部增列台灣省污水下水道建設經費11.1億元，並減列高雄市污水下水道及台灣省雨水下水道建設等計畫5億元。
3.環境保護署增列台灣地區河川流域及海洋經營管理、環保科技園區等計畫經費14.4億元，並核實減列台灣地區垃圾資源回收（焚化）廠興建工程及鼓勵公民營機構興建營運垃圾焚化場推動等計畫經費9.6億元。
(七)退休撫卹支出
九十四年度共編列1,301億元，占歲出總額8％，較上年度預算數1,238億元，增加63億元，約增5.1％，其主要增減項目包括：
1.銓敘部增列公務人員退休撫卹給付5.7億元，並減列公務人員退休利息補貼4.9億元。
2.教育部增列學校教職員暨社教學術研究機構聘任人員退休撫卹給付15.2億元。
3.國軍退除役官兵輔導委員會增列退除役官兵優惠存款利息補貼42.8億元，減列退除役官兵退休給付20.3億元及其他現金給與補償金1億元。
4.增列軍公教退休人員調整待遇經費27.2億元。
(八)債務支出
九十四年度共編列1,347億元，占歲出總額8.2％，較上年度預算數1,334億元（不含債務還本），增加13億元，約增1％，主要係增加國債付息經費所致。
(九)一般補助及其他支出
九十四年度共編列557億元，占歲出總額3.4％，較上年度預算數569億元，減少12億元，主要係減列土地增值稅減半徵收撥補地方政府九十三年度稅收實質損失經費。
四、融資財源
九十四年度歲入歲出相較計差短2,329億元，較上年度預算數2,478億元，減少149億元，減幅6.0％。前述歲入歲出差短連同依法必須編列之債務還本數600億元，合共2,929億元，經審慎檢討採取發行公債及賒借2,550億元與預計移用以前年度歲計賸餘379億元予以彌補。前述發行公債及賒借2,550億元，其中增撥農產品受進口損害救助基金235億元，依農業發展條例第五十二條規定，不受公共債務法之限制，其餘2,315億元占預算總額（含特別預算）14.1％，尚在公共債務法第四條規定之舉債額度15％範圍內。
另截至九十二年度決算止，中央政府債務餘額為3兆1,732億元，如加計九十三年度編列預算及九十四年度預計發行與償還之公債及賒借數，則截至九十四年度止，中央政府累計未償債務餘額估計達3兆6,678億元，占前三年度名目國民生產毛額平均數約35.7％，尚在公共債務法規定40％之範圍內。
融資財源調度情形表如附件三