(一)配合行政院九十三年度施政方針，制定預算政策：
依據行政院九十三年度施政方針，政府施政將以下列六大事項為施政重點：
1.推動兩岸關係良性發展，發展實質外交，保障國家和平安全。
2.塑造台灣新經濟文明，提升創新投資能量，厚植經濟成長潛能。
3.平衡政府財政收支，加強國家資產運用，健全金融體系。
4.型塑終身學習教育環境，促進文化創意革新，建構運動休閒文化。
5.積極推動政府改造，落實中央權力下放，營造陽光政治環境。
6.營造永續發展環境，追求公平正義社會，穩固社會安全網絡。
九十三年度中央政府總預算案之籌編，在中程預算收支推估之基礎下，配合上述施政方針，參據國內外經濟情勢各項指標，與公共債務法對舉債額度限制，本撙節消費性支出，以容納各項施政重點所需，並兼顧財政穩健之原則，妥慎檢討編製。又由於歲入財源不足，歲出無法有大幅成長空間，且因償債與依法律義務必須編列之支出比重居高不下，為因應當前國家發展重點計畫，及為維持政府經常收支之平衡，必須各機關共體時艱，本著零基預算精神，檢討調整原有及新增計畫之優先順序，厲行各項開源節流措施，始能因應。
(二)審酌財經情勢，訂定預算籌編原則：
為妥善運用國家整體資源，並使各級政府處理預算收支有所準據，依照預算法規定及上述預算政策，訂定「九十三年度中央及地方政府預算籌編原則」，其主要規定如下：
1.政府預算收支，應本中央、地方統籌規劃及遵守總體經濟均衡之原則，審度總資源供需估測顯示之趨勢，嚴密控制收支差絀，務實規劃財政平衡方案及時程。
2.政府預算收支應先期作整體性之縝密檢討，各機關須確立施政目標，衡量可用資源訂定具體計畫，並排列優先次序，落實推動中程計畫預算作業制度。
3.重要公共工程建設及重大施政計畫，應先行製作選擇方案及替代方案之成本效益分析報告，凡經評估適宜由民間辦理之業務，應優先由民間興辦或獎勵民間參與。
4.加強對公有財產與各類特種基金之經營管理及其他新財源之開闢，以期提升資源運用效益及增加政府收入，供作推動各類公共建設之財源。
5.中央及地方政府總預算案連同特別預算之歲出增加幅度，以不超過歲入之成長率為原則。
6.政府支出以鞏固國家安全、增進兩岸關係、振興經濟產業、強化社會安全、落實環境保護、加強文教科技及推動政治、金融、財政改革為優先重點，並應積極貫徹掃除黑金、教育改革、促進就業、發展觀光及投資招商等工作。
7.政府公共投資應配合國家總體建設計畫及施政重點，並兼顧地區均衡發展，加速推動各項公共建設，落實預算執行效益，以促進經濟穩定成長。
8.各項社會福利措施之推動，應本兼顧政府財政負擔、權利義務對等及社會公平正義等原則，審慎規劃辦理。
9.中央及地方政府功能、業務、組織及員額，應配合政府改造確實檢討，力求精簡。
10.各機關印刷、刊物、油料、會議、辦公器材、加班、委辦計畫及國內、外出差等一般經常性支出，應本緊縮原則確實檢討編列。
11.中央政府各機關預算項下所編列對地方政府補助款，應配合中央與地方事權之調整，確實檢討辦理。
12.營業基金及作業基金應本企業化經營原則，設法提高產銷運量，增加收入，抑減成本費用，並積極研究發展及推行責任中心制度，改進產銷及管理技術，提高產品及服務品質以提升經營績效，除負有政策性任務者外，應以追求最高盈餘為目標；其他特種基金應在法律或政府指定之財源範圍內，設法提升資源使用效率，以達成基金設置目的。
(三)統籌財力資源，分配主管機關歲出額度：
為期九十三年度中央政府總預算案之歲出規模能妥適分配予各主管機關編製概算，援例仍將作業程序分為兩個階段：
1.第一階段：持續採行八十四年度起推行之資源總額分配作業制度（即歲出額度制），以遏止歲出膨脹趨勢，改善財政，並加強預算編製內容，使與施政重點密切結合。又配合九十一年度起全面實施之中程計畫預算作業制度，本院前於去年十ㄧ月即核定各主管機關九十三至九十五年度之中程歲出概算額度，嗣經各機關依照編列九十三年度概算報院。
2.第二階段：組成年度計畫及預算審核會議，檢討歲入、歲出及融資調度事項，並在既定施政目標下，審查各機關歲出概算數額及內容，是否符合第一階段所分配之額度與「中央各主管機關編製九十三年度概算應行注意辦理事項」之規定。至司法院主管部分，基於客觀、一致，並考量檢察及其他機關間平衡原則，經就有關員額、車輛、工程等相關經費通盤考量後，研議整體性建議意見，俾供 貴院審議參考。
(四)衡酌財政收支情形，妥適編定總預算案：
九十三年度中央政府總預算案經審慎籌劃檢討結果，歲出總額為1兆6,113億元（不含債務還本），較上年度預算數1兆5,503億元，增加610億元，約增3.9％，歲入計列1兆3,539億元（不含融資財源），較上年度預算數1兆3,225億元，增加314億元，約增2.4％。以上歲入歲出差短2,574億元，連同債務還本數561億元，共需籌措融資財源3,135億元，經審慎檢討採取移用以前年度歲計賸餘485億元及發行公債2,650億元（其中增撥農產品受進口損害救助基金250億元，依農業發展條例第五十二條規定，不受公共債務法之限制 ）等方式予以彌平，編定總預算案。
九十三年度總預算案歲入編列1兆3,539億元（不含融資財源），較上年度預算數1兆3,225億元，增加314億元，增幅2.4％。茲將各項歲入來源別分配及其增減情形，簡要說明如下：
(一)稅課收入
九十三年度共編列9,210億元，占歲入總額68.0％，較上年度預算數9,298億元，減少88億元，減幅0.9％，主要為減少所得稅290億元，菸酒稅18億元，證券交易稅15億元，關稅2億元；增加貨物稅172億元，營業稅39億元，期貨交易稅15億元，遺產及贈與稅11億元。
(二)營業盈餘及事業收入
九十三年度共編列2,772億元，占歲入總額20.5％，較上年度預算數2,408億元，增加364億元，增幅15.1％。主要係營業基金盈餘繳庫增加445億元，作業基金賸餘繳庫減少78億元，及投資收益減少3億元所致。
(三)規費及罰款收入
九十三年度共編列738億元，占歲入總額5.5％，較上年度預算數791億元，減少53億元，減幅6.8％。主要係交通部減少汽車燃料使用費及汽、機車檢驗等規費收入41億元，司法院減少司法規費收入5億元，及外交部減少證照費收入4億元所致。
(四)財產收入
九十三年度共編列650億元，占歲入總額4.8％，較上年度預算數631億元，增加19億元，增幅3.0％。主要係投資台電等公司股本收回增加66億元，財產作價增加20億元；財產售價與租金收入減少67億元所致。
(五)其他收入
九十三年度共編列169億元，占歲入總額1.2％，較上年度預算數97億元，增加72億元，增幅74.6％。主要為支應敬老福利生活津貼擴增發放範圍所需財源，將公益彩券部分盈餘76億元繳庫所致。
以下再就各項歲出政事別分配及其增減情形，簡要說明如下：
(一)一般政務支出
九十三年度共編列1,695億元，占歲出總額10.5％，較上年度預算數1,643億元，增加52億元，約增3.2％，其主要增減項目如下：
1.中央選舉委員會增列第十一任總統副總統選舉經費13.6億元及第六屆立法委員選舉經費12.2億元。
2.司法院增列民事事件郵務送達經費9.5億元。
3.內政部增列防救災資訊系統及緊急通訊系統整合建置計畫經費5.4億元、役政署訓練中心計畫4.5元、辦理第十一任總統、副總統及第六屆立法委員選舉治安維護專案經費3億元。
4.外交部增列駐紐約辦事處購置館舍經費10億元，及核實減列加強與友邦各項技術合作經費11.2億元。
(二)國防支出
九十三年度共編列2,519億元，占歲出總額15.6％，較上年度預算數2,424億元，增加95億元，約增3.9％，主要係增列軍事裝備購製經費136.5億元、軍事工程及設備經費16.1億元，並核實減列政戰、教育訓練與補給修護業務經費26.9億元及一般軍事人員人事經費31.6億元。
(三)教育科學文化支出
九十三年度共編列3,099億元，占歲出總額19.2％，較上年度預算數之18.9％持續提升，仍居各政事別支出之首位，其中教育支出1,947億元，占62.8％；科學支出958億元，占30.9％；文化支出194億元，占6.3％。前述編列數較上年度預算數2,932億元，增加167億元，約增5.7％，主要增減項目如下：
1.教育部及所屬編列教育支出1,272.8億元，較上年度核實減列輔導私立大專校院整體發展獎助及降低國民中小學學生人數等計畫經費48.1億元。
2.補助台灣省各縣市及高雄市教育經費582.1億元，較上年度增加57.7億元。
3.新增對地方政府教師退休專案補助經費60億元。
4.國家科學委員會增列捐助成立財團法人同步輻射研究中心及國家實驗研究院所需研究用財產設備29.6億元。
5.國家科學委員會增列撥充行政院國家科學技術發展基金22.3億元。
6.科學工業園區管理局及所屬減列辦理新竹生物醫學園區開發計畫經費15.4億元。
7.中央研究院增列辦理數理科學研究、生命科學研究，以及人文社會科學研究等計畫經費9.6億元。
8.經濟部增列奈米與晶片系統國家型科技、平面顯示關鍵技術科技、共通領域中程綱要及數位內容學院等計畫經費21.4億元。
9.衛生署增列辦理國家衛生研究院建院計畫經費8.3億元。
10.故宮博物院減列辦理故宮新世紀建設計畫經費3.3億元。
11.文化建設委員會增列辦理加強國立文化機構籌建及營運、地方文化館、籌建國立台灣歷史博物館，及充實縣市文化設施等計畫經費7.1億元。
12.體育委員會增列辦理建構區域運動設施網計畫經費4.5億元。
13.客家委員會增列辦理客家文化設施興（修）建及客家語言復甦與永續成長等計畫經費3.2億元。
(四)經濟發展支出
九十三年度共編列2,479億元，占歲出總額15.4％，較上年度預算數2,261億元，增加218億元，約增9.6％，其主要增減項目如下：
1.內政部新增補助地方政府取得既成道路試辦計畫15億元。
2.財政部編列對財團法人農業信用保證基金捐助10億元，較上年度增加8億元。
3.財政部減列彌補國家金融安定基金虧損75.5億元。
4.經濟部編列對財團法人中小企業信用保證基金捐助60億元，較上年度增加40億元。
5.經濟部編列彌補中興紙業、台機公司民營化前累積虧損24.8億元，較上年度增加21.8億元。
6.經濟部編列興建國際展覽館計畫經費15億元，較上年度增加14億元。
7.經濟部減列對中國造船公司現金增資30億元。
8.交通部編列彌補台汽公司民營化前累積虧損35億元，較上年度減少5億元。
9.交通部編列台灣鐵路更新軌道結構、台鐵都會區捷運化暨區域鐵路先期建設、東部鐵路改善、生活圈道路系統及桃園航空城客貨運園區聯外道路系統等計畫經費107.6億元，較上年度增加54億元。
10.交通部減列高雄都會區大眾捷運系統第一期發展計畫、台北都會區大眾捷運系統新莊線、蘆洲線工程、國道三號公路南投支線建設、高速鐵路站區聯外道路系統改善，及鐵路平交道防護設備改善等計畫經費160.2億元。
11.農業委員會編列撥充農產品受進口損害救助基金計250億元，較上年度增加225.2億元。
12.補助臺灣省各縣市及所轄鄉鎮市辦理交通建設與道路養護及道安計畫等經費114億元，以及各項基本設施等經費247億元，較上年度增加105億元。
(五)社會福利支出
九十三年度共編列2,856億元，占歲出總額17.7％，較上年度預算數2,748億元，增加108億元，約增4％，其主要增減項目如下：
1.財政部編列對公教人員保險養老給付補助309億元，較上年度減少91億元。
2.補助臺灣省各縣市社會保險、社會救助及福利服務經費195億元，較上年度增加29.9億元。
3.內政部編列敬老福利生活津貼245.5億元，較上年度增加56億元。
4.補助各類人員參加全民健康保險保費及業務費894億元（不含編列於人事費項下之軍公教人員全民健保經費108億元），較上年度增加49.1億元。
5.內政部補助農民參加農民保險保費及虧損填補45.5億元，較上年度減少8.1億元。
6.國防部減列戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償金12億元。
7.國軍退除役官兵輔導委員會減列補助榮民就養生活費及榮院人事費等16.7億元。
8.農業委員會編列老年農民福利津貼320.8億元，較上年度增加89億元。
9.勞工委員會補助勞工參加勞工保險保費及業務費239.3億元，較上年度增加10.6億元。
(六)社區發展及環境保護支出
九十三年度共編列253億元，占歲出總額1.6％，較上年度預算數235億元，增加18億元，約增7.9％，其主要增減項目包括：
1.公務人員住宅及福利委員會編列撥充中央公務人員購置住宅貸款基金20.1億元，較上年度增加8.3億元。
2.內政部編列撥充營建建設基金24.8億元，較上年度增加2.6億元。
3.內政部營建署增列辦理污水下水道建設經費7.5億元。
4.國防部核實減列增撥國軍官兵購置住宅貸款基金5億元。
5.環境保護署增列台灣地區垃圾處理後續計畫經費7.2億元，並核實減列台灣地區河川流域及海洋經營管理計畫經費2.7億元。
(七)退休撫卹支出
九十三年度共編列1,243億元，占歲出總額7.7％，較上年度預算數1,258億元，減少15億元，約減1.2％，其主要增減項目包括：
1.銓敘部減列公務人員退休撫卹給付經費8.9億元。
2.教育部增列學校教職員暨社教學術研究機構聘任人員退休撫卹給付11.4億元。
3.國軍退除役官兵輔導委員會減列退除役官兵退休給付及優惠存款利息補貼12.7億元，以及其他金給與補償金3.6億元。
(八)債務支出
九十三年度共編列1,384億元，占歲出總額8.6％，較上年度預算數1,450億元（不含債務還本），減少66億元，約減4.6％，主要係國債付息經費減少所致。
(九)一般補助及其他支出
九十三年度共編列585億元，占歲出總額3.6％，較上年度預算數552億元，增加33億元，主要係增列對台灣省各縣市政府基本財政收支差短補助經費。
九十三年度歲入歲出相較計差短2,574億元，占歲出16.0％，較上年度預算數2,278億元，增加296億元，增幅13.0％。前述歲入歲出差短連同債務還本數561億元，合共3,135億元，經審慎檢討採取下列方式彌補：
(一)發行公債及賒借2,650億元，其中增撥農產品受進口損害救助基金250億元，依農業發展條例第五十二條規定，不受公共債務法之限制，其餘2,400億元則占歲出總額1兆6,266億元（含特別預算）之14.8％，尚在公共債務法第四條規定之舉債額度15％範圍內。
(二)預計移用以前年度歲計賸餘調節因應數485億元。
截至九十一年度決算止，中央政府債務餘額為2兆8,975億元，如加計九十二年度編列預算（含追加）及九十三年度預計發行與償還之公債及賒借數，則截至九十三年度止，中央政府累計未償債務餘額估計達3兆4,290億元，占前三年度名目國民生產毛額平均數約34.4％，尚在公共債務法規定40％之範圍內。