政府預算編製程序，在憲法、預算法及其他相關法令中，已有明確規定，本年度總預算案仍依序辦理，茲將籌編過程中較重要之作業情形及主要內容，簡要說明如次：
一、籌編經過
(一)配合行政院九十一年度施政方針，制定預算政策：
依據行政院九十一年度施政方針，本年度政府施政將以下列五大事項為施政重點：
1.維護國家安全，穩定兩岸關係，擴展外交活動空間。
2.肆應全球經濟體系轉型，擴大公共投資，確保國家經濟持續發展。
3.促進政治清廉，穩固社會安全網，追求永續發展新生活。
4.落實教育改革，尊重文化差異，保障弱勢族群權益與福祉。
5.提高行政效率，建立服務導向的政府型態，擘劃世紀新願景。
本年度中央政府總預算案之籌編，配合上述施政方針，經參據全國總資源供需估測各項指標，與公共債務法對舉債額度限制，本儘量撙節消費性支出，以容納各項施政重點所需，並兼顧財政穩健之原則，妥慎檢討編製。又由於本年度政府釋股收入漸趨枯竭，歲入財源大幅減少，而歲出方面則因償債及依法律義務所必須編列之重大支出持續增加，且受限於公營事業移轉民營條例第十五條規定，公營事業移轉民營所得資金僅能用於資本支出，致使本年度經常收支之平衡倍感困難，整體歲出預算之結構漸趨僵化，必須各機關共體時艱，本著零基預算精神，勵行各項開源節流措施，始能因應。
(二)審酌財經情勢，訂定預算籌編原則：
為妥善運用國家整體資源，並使各級政府處理預算收支有所準據，依照預算法規定及上述預算政策，訂定「九十一年度中央及地方政府預算籌編原則」，其主要規定如下：
1.政府預算收支應先期作整體性之縝密檢討，並配合中長程重要建設及施政計畫，實施中程計畫預算作業制度。
2.政府預算收支差絀應予繼續有效嚴密控制，政府未償債務餘額預算數及年度舉債額度，不得超過公共債務法所規定之上限。
3.中央及地方政府均應積極推動公營事業民營化，並加強對公有財產與各類特種基金之管理運用及其他新財源之開闢，供作推動各類公共建設之財源。
4.政府原有消費支出應力求節約，重要公共工程建設及重大施政計畫，凡經評估適宜由民間辦理之業務，並應儘量獎勵民間參與或移由民間興辦。
5.政府年度支出規模占國民生產毛額之比率應持續下降，且中央及地方政府總預算案連同特別預算之歲出增加幅度，以不超過歲入之成長率為原則。
6.政府支出以鞏固國家安全、增進兩岸關係、發展知識經濟、落實環境保護、提升全民福祉、澈底掃除黑金、加速災區重建、厚植產業基礎及加強文教科技為優先重點。
7.政府公共投資應配合國家建設計畫及施政重點，並兼顧地區均衡發展，加速推動各項公共建設，落實預算執行效益，以促進經濟穩定成長。
8.各項社會福利措施之推動，應本兼顧政府財政負擔、權利義務對等及社會公平正義等原則，審慎規劃辦理。
9.中央及地方政府功能、業務、組織及員額，應配合政府再造確實檢討，力求精簡。
10.各機關印刷、刊物、油料、會議、辦公器材、加班、委辦計畫及國內、外出差等一般經常性支出，應本緊縮原則確實檢討編列。
11.中央及地方政府凡具有共同性質之支出項目及社會福利措施，應依法律規定或行政院核定之一致標準編列預算，各縣（市）預算之編製及執行，由行政院統籌訂定一致規範或準用中央法規。
12.中央政府各機關預算項下所編列對地方政府補助款，應依財政收支劃分法第三十條第一項之原則與中央對直轄市及縣（市）政府補助辦法之規定，確實檢討。
13.非營業基金應適時檢討整體營運績效，凡不符合經濟效益、長期發生短絀或已完成創設任務者，應即檢討裁撤或簡併。
(三)統籌財力資源，分配主管機關歲出額度：
為期本年度中央政府總預算案之歲出規模能妥適分配予各主管機關編製概算，援例仍將作業程序分為兩個階段：
1.第一階段：經考量以往年度籌編中央政府總預算案之各項作業，如八十四年度起推動資源總額分配制度，八十五年度訂定「中央各機關歲出編製有關落實零基預算主要精神作業要點」，以及八十七年度起將各機關之重要經建投資計畫（九十年度重行定義並更名為公共建設計畫）及科技發展計畫予以劃出，由本院經濟建設委員會及國家科學委員會在本院所核定之總額度範圍內予以控管審議，對於總預算歲出膨脹趨勢之遏止、財政之改善、預算編製內容與施政重點的密切配合等，已發揮一定之功效。茲本年度仍予繼續採行，並為掌握未來年度政府中長程整體施政及建設重點，同時與財政負擔能力密切配合，經訂定「中央政府中程計畫預算編製辦法」，全面實施中程計畫預算作業制度，以本年度歲出核列數為基礎，一併匡列各主管機關九十二至九十四年度之中程歲出概算額度，由各機關妥為規劃中程施政計畫與概算。
2.第二階段：組成年度計畫及預算審核會議，檢討歲入、歲出及融資調度事項，並在既定施政目標下，審查各機關歲出概算數額及內容，是否符合第一階段所分配之額度與「歲出額度範圍內編製概算應行注意辦理事項」之規定，至司法院主管部分，基於客觀、一致，並考量檢察及其他機關間平衡原則，經就有關員額、車輛、工程等相關經費通盤考量後，研議整體性建議意見，俾供 貴院審議參考。
(四)衡酌財政收支情形，妥適編定總預算案： 本年度中央政府總預算案經審慎籌劃檢討結果，歲出總額為1兆 5,993億元（不含債務還本），較上年度預算數1兆 6,371億元，減少 378億元，約減 2.3﹪。另歲入計列1兆 3,407億元（不含融資財源），較上年度預算數1兆 3,946億元，減少539億元，約減3.9﹪。以上歲入歲出差短 2,586億元，連同到期債務還本2,513億元，共需籌措融資財源5,099億元，經審慎檢討採取移用以前年度歲計賸餘1,026億元、發行公債2,550億元及由債務基金調度還本支出1,523億元等方式予以彌平，編定總預算案。
二、歲入部分
本年度總預算案歲入編列1兆3,407億元（不含融資財源），較上年度預算數1兆3,946億元，減少539億元，減幅3.9％。茲將各項歲入來源別分配及其增減情形，簡要說明如下：
中央政府歲入編列情形表附件一
(一)稅課收入
本年度共編列9,597億元，占歲入總額71.6％，較上年度預算數9,050億元，增加547億元，增幅6.0％，主要為增加所得稅538億元，貨物稅13億元，菸酒稅4億元，關稅42億元；減少證券交易稅50億元。
(二)營業盈餘及事業收入
本年度共編列1,925億元，占歲入總額14.3％，較上年度預算數3,288億元，減少1,363億元，減幅41.4％。主要係減少中華電信公司等股票買賣差價收入1,639億元；投資股息紅利減少18億元；非營業基金賸餘繳庫減少69億元；營業基金盈餘繳庫增加363億元所致。
(三)規費及罰款收入
本年度共編列882億元，占歲入總額6.6％，較上年度預算數632億元，增加250億元，增幅39.5％。主要係配合電信業務自由化等，增加各項證照費、登記費及無線電頻率使用費所致。
(四) 財產收入
本年度共編列801億元，占歲入總額6.0％，較上年度預算數806億元，減少5億元，減幅0.6％。主要係投資中華電信公司等股本收回減列352億元；財產孳息減列1億元；財產作價增加308億元；財產售價增加40億元所致。
(五)其他收入
本年度共編列202億元，占歲入總額1.5％，較上年度預算數170億元，增加32億元，增幅18.9％。主要係內政部營建署增列公共設施保留地交通建設、雨(污)水下水道工程等代辦經費結餘及短期無法執行之計畫經費部分先行繳庫40億元；教育部所屬各機關學校增列學雜費收入及服務收入11億元；交通部公路局增列代辦挖掘路面修護經費節餘款繳庫10億元；勞工委員會減列上年度已編列完成,本年度不再編列之辦理勞保及農保行政事務補助費賸餘款26億元所致。
三、歲出部分
以下再就各項歲出政事別分配及其增減情形，簡要說明如下：
中央政府歲出政事別編列情形表如附件一
(一)一般政務支出
本年度共編列1,693億元，占歲出總額10.6％，較上年度預算數1,784億元，減少91億元，約減5.1％，如將上年度辦理擴大內需追加預算數27億元，及屬於無繼續性支出，包括中央選舉委員會辦理第五屆立法委員選舉經費12.8億元、行政院主計處辦理農林漁牧業、戶口及住宅普查經費11.9億元、關稅總局艦艇汰舊換新第一期計畫經費10.9億元、交通部辦理民營化釋股相關經費47.2億元等扣除不計，則增加18.8億元，其主要增加項目如下：
1.內政部辦理兵役替代役業務38.1億元，較上年度增加14.1億元。
2.原住民委員會新增補助原住民鄉鎮市基本財政收支差短及加強基本建設經費5.5億元。
3.原住民委員會撥充原住民族綜合發展基金10億元，較上年度增加9.6億元。
(二)國防支出
本年度共編列2,308億元，占歲出總額14.4％，較上年度預算數2,443億元，減少135億元，減幅5.5％，主要係核實減列人事費52億元、政戰業務經費5億元、裝備零附件採購經費13億元、軍事工程及設施5億元、武器裝備經費64億元。
(三)教育科學文化支出
本年度共編列2,774億元，占歲出總額17.4％，較上年度之16.3％顯著提升，已躍居各政事別支出之首位，其中教育支出1,868億元，占67.3％；科學支出720億元，占26％；文化支出186億元，占6.7％。前述編列數較上年度預算數2,664億元，增加110億元，約增4.2％，且如將上年度辦理擴大內需追加預算數78億元予以扣除不計，則增加達188億元，主要增加項目如下：
1.教育部及所屬編列教育支出1,401.7億元，較上年度增加34.3億元。
2.文化建設委員會新增１鄉鎮１生活文化館經費12.1億元。
3.國科會增撥國家科學技術發展基金及辦理各項科技發展計畫經費248億元，較上年度增加35億元。
4.補助臺灣省各縣市及高雄市教育經費434.8億元，較上年度增加100.1億元。
(四)經濟發展支出
本年度共編列2,703億元，占歲出總額16.9％，較上年度預算數2,807億元，減少104億元，約減3.7%。如將上年度辦理擴大內需追加預算數472億元，及屬於無繼續性支出，包括內政部撥補九二一震災社區重建更新基金21.5億元、財政部對中小企業信用保證基金捐助55億元、台北市區鐵路地下化工程萬板專案經費28.1億元扣除不計，則增加472.6億元，其主要增減項目如下：
1.財政部新增彌補國家金融安定基金虧損416.6億元及增撥公營事業民營化基金50億元，合共466.6億元。
2.交通部新增彌補臺灣汽車客運股份有限公司民營化前累積虧損30億元。
3.交通部桃園航空城客貨運園區聯外道路系統及高雄都會區大眾捷運系統紅橘線路網建設計畫經費100.5億元，較上年度增加70.2億元。
4.農業委員會加強造林及森林永續經營計畫經費86.8億元，較上年度增加41.5億元。
5.經濟部辦理寶山第二水庫工程等九項水資源開發與自來水建設計畫及基隆河治理工程經費86.7億元，較上年度減少43.1億元。
6.交通部辦理臺灣地區西部走廊東西向快速公路建設計畫、公路系統改善計畫及台北都會區大眾捷運系統建設暨其後續計畫經費150.8億元，較上年度減少425.6億元，主要係上年度已追加經費237.9億元所致。
(五)社會福利支出
本年度共編列2,670億元，占歲出總額16.7％，較上年度預算數3,003億元，減少333億元，減幅11.1％，惟如將上年度辦理擴大內需追加預算數33億元，及屬於無繼續性支出之補編中央與臺灣省政府精省前積欠勞工保險及全民健康保險保費200億元等予以扣除不計，則減少100億元，其主要增減項目如下：
1.內政部新增辦理老人福利津貼發放業務經費160億元。
2.補助臺灣省各縣市社會保險、社會救助及福利服務經費146億元，較上年度增加17.8億元。
3.內政部補助農民健康保險虧損91億元，較上年度減少51億元。
4.財政部補助公教人員保險養老給付219.2億元，較上年度減少149.2億元。
5.補助各類人員參加全民健康保險保費及業務費791.3億元，較上年度減少62.5億元。
(六)社區發展及環境保護支出
本年度共編列239億元，占歲出總額1.5％，較上年度預算數234億元，增加5億元，增幅2.1％，如將上年度辦理擴大內需追加預算數11億元予以扣除不計，則增加16億元，其主要增減項目包括：
1.營建署辦理國民住宅興建及臺灣省、高雄市、福建省污水下水道建設計畫經費61億元，較上年度增加10.3億元。
2.環境保護署辦理臺灣省垃圾處理計畫、民營垃圾焚化廠興建計畫、河川流域及海洋經營管理方案等計畫經費53億元，較上年度增加25.9億元。
3.十二項建設垃圾焚化廠興建計畫工程費按工程進度本年度編列8.8億元，較上年度減少30.1億元。
(七)退休撫卹支出
本年度共編列1,343億元，占歲出總額8.4％，較上年度預算數1,413億元，減少70億元，減幅4.9％，其主要增減項目包括：
1.銓敘部編列公務人員退休撫卹給付經費129.5億元，較上年度減少17.7億元。
2.國軍退除役官兵輔導委員會編列各項退除役官兵退休撫卹支出1,062.9億元，較上年度減少16.2億元。
3.軍職人員退休現金給與補償金19億元，較上年度減少21億元。
(八)債務支出
本年度共編列1,699億元，占歲出總額10.6％，較上年度預算數1,600億元（不含債務還本），增加99億元，增幅6.2%，主要係國債付息經費增加所致。
(九)一般補助及其他支出
本年度共編列564億元，占歲出總額3.5％，較上年度預算數423億元，增加141億元，增幅33.3％，主要係增加對縣市政府因營業稅法修正後短少財源及基本財政收支差短補助。
四、融資財源
融資財源調度情形如附件二
本年度歲入歲出相較計差短2,586億元，較上年度預算數2,425億元，增加161億元（含追加預算510億元），增幅6.6%。前述歲入歲出差短連同本年度到期需償還債務2,513億元，合共5,099億元，經審慎檢討採取下列方式彌補：
(一)發行公債及借款2,550億元，占預算總額14.6％，尚在公共債務法第四條規定之舉債額度15％範圍內。
(二)預計移用以前年度歲計賸餘調節因應數1,026億元。
(三)由債務基金調度還本支出1,523億元。
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