九十一年度（九十一年一月一日至十二月三十一日）在面對世界經濟體系持續知識化、永續化及公義化，政府係以更成熟穩健的步伐，與全國人民共同建立文化自主的新秩序、創造數位科技的新經濟、發展永續生態的新環境，建立一個全民共享尊嚴幸福生活的「綠色矽島」。展望未來，「穩健中尋求創新，變革中謀求公平」將是政府的施政目標，在共存共榮的終極目標下，讓不同族群、不同黨派及豐沛的社會力彼此包容、相互合作。基此，本年度政府施政以下列五大事項為重點：
一、維護國家安全，穩定兩岸關係，擴展外交活動空間。
二、肆應全球經濟體系轉型，擴大公共投資，確保國家經濟持續發展。
三、促進政治清廉，穩固社會安全網，追求永續發展新生活。
四、落實教育改革，尊重文化差異，保障弱勢族群權益與福祉。
五、提高行政效率，建立服務導向的政府型態，擘劃世紀新願景。
一、關於國防方面：
本年度國防施政重點，為有效運用國防資源，達成現代化國防武力目標；加強部隊訓練，精進常備部隊訓練作為；精進教育品質，提昇國軍人力素質；加強武器裝備籌備與維修；加強前瞻性國防科技關鍵技術之開發與系統科學研究；落實辦理退除役官兵之服務照顧等工作。一年來國防施政所獲成效如次：
軍事行政及政戰業務：完成國防人力移轉培訓案中、上校退前職訓195人、國軍企管專業人才培訓200人；完成戰略研究所及各軍事院校畢業、調訓作業；完成九十年度大事紀要彙整及印製分發作業，編印「九十一年國防白皮書」；完成同心十四號演習、萬安廿五號演習、漢光十八演習及華山十五號操演等。
測量業務：辦理清泉崗、岡山、新竹、花蓮、佳山等機場羅盤場校正測量工作；完成軍圖印刷178幅124萬6,000張，海圖測量22幅、三角點調查100點、補設20點、一等水準點埋石、調查100點。
教育訓練業務：辦理高級軍官團及一般軍士官團教育、學術研討、講座，增進各級幹部科技及軍事新知，提升本職學養；辦理重要幹部及一般幹部核生化講習；簡併訓練場地及不使用場地16處；完成軍校聯招、甄試升學、女性軍士官班等招生作業。
通信業務：持續辦理各項軍租電路及通信業務，確保各項戰情傳遞任務遂行；制訂通信電子資訊安全政策計畫，成立鑑定專責編組，執行檢測及鑑定國軍發展密碼模組安全等級，確保國軍通信電子資訊保密安全。
補給修護業務：完成內、外購裝備零附件採購、交委製案，有效支援備戰任務；完成九十一年度補給保修運輸衛勤倉庫總清點，並就各項檢查缺失賡續管制辦理；支援民用型車輛、堆高機、消防滅火機、各式搶修機具維修保養，有效執行各油庫各項消防、搶修、庫儲任務。
裝備及軍事設施：辦理TH-67直昇機飛行訓練模擬儀、組合型及簡易型戰車訓練模擬器等支援戰備裝備購製；辦理主要武器裝備系統研發需求先期評估及執行各項軍品研究發展規劃、督考、評鑑作業；完成佳山洞庫安全防護工程與空軍阻絕設施整建工程及改善老舊彈庫等案。
退除役官兵輔導業務：整修榮家安養房舍及改善老舊設施，提昇安養品質；各安養機構結合地區社會老人舉辦各項交流活動，消除老人孤寂生活；截至本年度止安置公費就養榮民11萬3人，安置自費就養榮民2,008人；輔導榮民就業6,108人次；辦理榮民生涯輔導及就業媒合活動111場次，參加榮民（眷）1萬3,171人次；加強散居榮民（眷）之連繫照顧，以村里鄰為單位，編成1萬6,182個「榮民生活互助組」，協助辦理相關服務事宜。
二、關於外交僑務方面：
本年度外交僑務施政重點，為籌辦元首外交及推動雙邊關係；推動全方位務實外交，增進與有邦交國家之邦誼；辦理經貿出訪考察、國際招商活動及鼓勵業者赴友邦投資；積極參加國際組織活動，善用我經貿實力及發展經驗，加強國際技術合作；積極推展僑務關係。一年來外交僑務施政所獲成效如次：
籌辦元首外交及推動雙邊關係：陳總統水扁於本年度七月間以「合作互助，關懷之旅」為主題，訪問塞內加爾、聖多美普林西比、馬拉威及史瓦濟蘭等非洲4友邦，除實地視察雙邊合作計畫成果並與各國簽署聯合公報外，隨團民意代表及企業界人士亦與受訪國工商界會談或簽署合作協定；持續鞏固我國與28個邦交國間之雙邊關係，維持我國在國際間主權地位；與世界上150餘個無邦交國家維持密切的經貿、文化與技術合作關係。
參與國際組織：本年度一月我首度透過世界衛生組織（WHO）執行委員會推動我入該組織案，友邦塞內加爾等5國政府為我提案，要求將邀請我國以觀察員身分參加世界衛生大會的提案列入五月世界衛生大會的臨時議程，另巴拉圭等9國政府分別向WHO幹事長再度提案，使我案在大會增加曝光之機會；我已於九十一年一月一日加入世界貿易組織（WTO）成為第144個會員；參與亞太經濟合作（APEC）會議，本年度提出4項計畫及倡議，除已獲資深官員會議通過外，其中3項計畫之成果更獲列入部長級年會之聯合聲明中，且在台舉辦17項APEC會議及活動。
全民外交：推動外交替代役，本年度實際核錄35名，派往駐外技術團和醫療團服勤；為積極培育外交人才，將「外交領事人員講習所」擴大改制為「外交學院」，已配合研擬「外交部組織法」等修正草案，送請立法院審議；推動非政府組織（NGO）業務，目前我已加入或建立關係之非政府間國際組織總數已達1,000餘個，輔導加強我民間NGO團體涉外能力。
經貿外交：為加強我與友邦之經貿投資，適時籌組經貿投資考察團、工商投資團等出訪考察；舉辦13項國際綜合商展，國內參展廠商178家，現場成交金額2千餘萬美元，頗獲廠商支持；鼓勵業者赴友邦投資，訂定「鼓勵業者赴有邦交國家投資補助辦法」，本年度計有30家廠商申請獲得補助，補助金額8,191萬元。
僑政業務：結合海內外資源，辦理師資培訓，落實華文教育傳承工作；運用資訊科技，推廣多元教學，輔導海外青年回國研習，強化華裔青年聯誼組織，培育僑社繼起人才；輔導僑營企業發展，結合僑商團體力量，協助擴展對外關係；擴大宣導僑生回國升學，加強辦理僑生技職訓練。