一、九十一年度中央政府總決算之繼續提前完成：依八十七年十月二十九日新修正預算法之規定，政府會計年度改為曆年制，復依照決算法第二十一條「中央主計機關應編成總決算書，並將各附屬單位決算彙案編成綜計表，於會計年度結束後四個月內，提出於監察院」之規定，中央政府決算應於每年六月底以前編送 貴院。自六十五年度起至八十八年度止，為期迅速產生預算執行之考核資料，以為核編下年度預算之參考，增進財務效能起見，均較當時規定之期限提前二個月，於每年十月底以前編成，自八十八年下半年及八十九年度起則於四月底前編成；本年度中央政府決算之編製，仍循例提前二個月於四月底以前完成。
二、預算法第七十條規定：「各機關…，得經行政院核准動支第二預備金及其歸屬科目金額之調整，事後由行政院編具動支數額表，送請立法院審議…」，本院歷年來均依上述規定於六月底前彙整編具「中央政府總預算第二預備金動支數額表」送請立法院審議，立法院約於七月中旬前審議完成，故中央政府總決算之編製，向極順利；惟自八十三年度起（含當年度），立法院多未能於各機關編製決算期間，完成法定審議程序，爰照與審計部協商之處理方式，及本院主計處訂頒「普通公務單位會計制度之一致規定有關各機關動支第二預備金帳務處理補充規定」，按各機關實際動支數及執行情形列入決算辦理，審計部審查時視立法院審議結果逕行處理。
三、為因應八十七年十月二十九日新修正預算法第六條、第十七條、第七十二條規定及業務需要，本院主計處於八十九年七月及八月間分別修訂「中央總會計制度」暨「普通公務單位會計制度之一致規定」有關融資調度及預算保留之會計事務處理（含科目名稱定義、分錄及表件格式等），其中歲入、歲出預算保留，屬已發生權責部分，以應收歲入款、應付歲出款等科目（歸屬資產負債項目）表達，至契約責任等部分，則以未實現收入及支出保留數準備等科目（歸屬餘絀項目之加減項）表達，並於八十八年下半年及八十九年度單位決算及總決算相關表件配合表達處理；復經考量單位會計（決算）未有餘絀項目，且「未實現收入」及「支出保留數準備」科目與應收歲入款及應付歲出款科目性質相同，屬將於以後年度收得或支付實現之款項等，經於九十年八月間修正以「應收歲入保留款」及「應付歲出保留款」科目處理，歸屬為資產負債項目，相關表報並配合修正以應收(付)數及保留數欄位表達，自九十年度決算起依上開修正相關規定辦理；另自九十年度決算起依會計法第二十九條規定將政府長期負債另編目錄表達，不再列入平衡表內處理。
四、中央政府興建臺灣北部區域第二高速公路第二期工程特別預算(七十九年度至八十一年度)、中央政府戰士授田憑據處理補償金及其發放作業費特別預算(八十年度至八十一年度)，中央政府興建重大交通建設計畫第一期工程特別預算(八十一年度至八十二年度)，中央政府興建重大交通建設計畫第二期工程特別預算(八十三年度至八十四年度)，中央政府興建重大交通建設計畫第三期工程特別預算(八十五年度至八十六年度)，中央政府口蹄疫危機處理特別預算(八十六年度至八十八年度)，中央政府立法院新院址興建計畫工程特別預算(八十七年度至八十九年度)，中央政府採購高性能戰機特別預算（八十二年度至九十年度），中央政府九二一震災災後重建特別預算（九十年度），中央政府九二一震災災後重建第二期特別預算（九十年度）；另原臺灣省政府之臺北都會區大眾捷運系統第三期建設工程特別預算、臺灣省加速取得公共設施保留地第一期特別預算、臺灣省加速取得都市計畫公共設施保留地償債計畫第一期特別預算、臺灣省加速取得都市計畫公共設施保留地償債計畫第二期及金融保險等機構民營化員工權益補償金特別預算等，尚有經審定轉入本年度繼續執行之歲入、歲出保留數，經根據執行情形，編具各該特別決算以前年度歲入、歲出保留轉入數等決算表，附入總決算內併送 貴院。