行政院主計總處（以下簡稱本總處）負責政府歲計、會計、統計工作，成立至今已逾93年，其間歷經多次組織變革。民國20年4月依據國民政府主計處組織法成立「國民政府主計處」。37年5月配合憲政實施，改隸行政院設主計部。38年3月配合政策改為「行政院主計處」。62年11月及72年5月為應國家各項政事迅速發展、主計職責日益增加，分別修正組織法。嗣配合行政院組織改造，整併所屬電子處理資料中心，並對內部單位作適度檢討後，改制為「行政院主計總處」，本總處組織法於101年2月3日經總統公布，並經行政院同日令於101年2月6日施行。
本總處辦理的歲計、會計、統計工作，具有相互為用的整體性，亦即以統計資料作為編製施政計畫與預算的參據，依據預算執行辦理會計紀錄、製作決算，根據相關紀錄以及調查資料產生統計報告，併稱為主計體系。又因為主計系統所執行的是政府財務活動的規範與記載，必須秉持超然的精神，方能提供公正客觀且確實的資訊。依本總處組織法規定，全國各級主辦歲計、會計、統計人員，分別對各該管上級機關主辦歲計、會計、統計人員負責，並依法受所在機關長官之指揮，因而形成了特有的超然主計制度，一為主計機構組織超然於機關之外，以本總處為最高主計機關，由上而下，全國一致另成一系統，即主計系統；二為主計人事的超然，即主計人員的任免（遷調）、獎勵、考核，概由主計主管機關負責主持，不由所在機關長官處理；三為主計職責（務）超然，主計人員依會計法、統計法等規定可超然獨立行使其職務，不受影響。主計機構及人員之設置管理，開始係依33年1月訂定之「行政院主計處設置各機關歲計、會計、統計人員條例」辦理，會計與統計單位分別設置，38年1月「地方政府暨所屬機關主計機構及人員設置條例」公布施行後，將地方會計與統計單位合併設置，並定名為主計處或主計室。70年12月制定「主計機構人員設置管理條例」後，主計機構及人員之設置管理悉依該條例辦理。嗣為配合行政院組織改造，修正該條例並於102年1月1日施行。