依據本總處組織法及處務規程規定，本總處置主計長1人、政務副主計長1人、常務副主計長1人及主任秘書1人，下設綜合規劃處、公務預算處、基金預算處、會計決算處、綜合統計處、國勢普查處及主計資訊處等7個業務單位，分別掌理主計制度規劃與政府內部控制監督業務、公務預算業務、附屬單位預算業務、政府會計管理與決算業務、全國性統計業務、普查與抽樣調查業務、主計資訊業務等；另設秘書室、人事處、政風室與主計室等4個輔助單位，主計人員訓練中心、法規會與國民所得統計評審會3個常設性任務編組。本總處設主計會議，由主計長、副主計長、主任秘書及主計官組成，審議主計法規、方案、制度及各級主計機構之組織編制等，以及各機關主辦人員任免之審定事項。
此外，全國各級主計機構之設置亦循主計系統辦理，截至114年12月底止，各級政府主計機構計有6,039個。若按中央與地方分，中央1,178個，地方4,861個；若按會計、統計單位分，主計（含會計及統計）單位948個，會計單位4,962個，統計單位129個。
本總處人力
截至114年12月底止，本總處計有731人（包括職員、約聘僱、技工友及駐警），其中女性占65.39%，男性占34.61%；若按年齡分，40至49歲占29.82%最多，其次為50至59歲占26.68%；若按學歷分，研究所學歷者占41.72%最多，大學學歷者占40.08%次之，專科學歷者占12.86%再次之。
全國主計人力
截至114年12月底止，全國主計人員（編制內人員）計有1萬2,476人，其中會計人員占90.69%，統計人員占9.31%；若按性別分，女性占75.67%，男性占24.33%；若按中央與地方分，中央機關主計人員占49.90%，地方機關占50.10%；若按機關別分，公務機關主計人員占62.26%最多；若按年齡分，40至49歲占29.17%最多，其次為50至59歲占27.15%；若按學歷分，大學學歷者占64.26%最多，研究所學歷者占28.20%次之，專科學歷者占6.73%再次之。