依據本總處組織法及處務規程規定，本總處置主計長1人、政務副主計長1人、常務副主計長1人及主任秘書1人，下設綜合規劃處、公務預算處、基金預算處、會計決算處、綜合統計處、國勢普查處及主計資訊處等7個業務單位，分別掌理主計制度規劃與政府內部控制監督業務、公務預算業務、附屬單位預算業務、政府會計管理與決算業務、全國性統計業務、普查與抽樣調查業務、主計資訊業務等；另設秘書室、人事處、政風室與主計室等4個輔助單位，主計人員訓練中心、法規會與國民所得統計評審會3個常設性任務編組。本總處設主計會議，由主計長、副主計長、主任秘書及主計官組成，審議主計法規、方案、制度及各級主計機構之組織編制等，以及各機關主辦人員任免之審定事項。
全國各級主計機構之設置亦循主計系統辦理，截至112年12月底止，各級政府主計機構計有6,016個。若按中央與地方分，中央1,175個，地方4,841個；若按會計、統計單位分，主計（含會計及統計）單位950個，會計單位4,937個，統計單位129個。
本總處人力
截至112年12月底止，本總處計有757人（包括職員、約聘僱、技工友及駐警），其中女性占66.31%，男性占33.69%；若按年齡分，50至59歲占28.80%最多，其次為40至49歲占26.95%；若按學歷分，研究所學歷者占42.01%最多，大學學歷者占37.78%次之，專科學歷者占13.87%再次之。
全國主計人力
截至112年12月底止，全國主計人員（編制內人員）計有1萬2,495人，其中會計人員占90.43%，統計人員占9.57%；若按性別分，女性占76.88%，男性占23.12%；若按中央與地方分，中央機關主計人員占49.27%，地方機關占50.73%；若按機關別分，公務機關主計人員占62.58%最多；若按年齡分，50至59歲占30.38%最多，其次為40至49歲占27.43%；若按學歷分，大學學歷者占62.69%最多，研究所學歷者占27.62%次之，專科學歷者占8.69%再次之。