一、 組織沿革與職掌
民國20年4月1日國民政府主計處成立，設會計局，主管全國會計事務。37年國民政府主計處改隸行政院，初稱主計部，次年復改為主計處，仍設會計局。42年配合主計處業務調整，依單位順序命名，改稱第二局，為管理中央政府附屬單位預算之專責部門，並負責督導各縣（市）地方附屬單位預算之編製及執行，其中掌理中央政府附屬單位預算業務，包括國營事業及非營業特種基金預算之編製、審議與執行監督等。101年2月配合行政院組織調整，行政院主計處改為行政院主計總處，第二局改稱為基金預算處（以下簡稱本處）。
主要業務：
(一)籌編附屬單位預算所需事實之調查，與增進經營及財務效能之研究及建議。
(二)附屬單位預算籌編原則、事業計畫總綱、預算編製辦法及預算書表格式之研訂。
(三)附屬單位預算之審核、綜計及彙編。
(四)附屬單位預算執行及特種基金管理相關法規之擬訂。
(五)附屬單位預算固定資產投資、資金轉投資、長期債務舉借與償還計畫之評估及成本效益分析。
(六)附屬單位預算執行情形之督導、調查、分析及考核。
(七)督導直轄市、縣（市）政府附屬單位預算之編製及執行。
(八)行政法人、各機關經管信託基金及政府捐助成立之財團法人預算相關事項。
(九)其他有關附屬單位預算事項。
二、組織業務分工
本處員額38人，分設參贊室及五個科辦事，分工如下：
參贊室
負責預算制度與主管法規、通案性標準之制《修、擬》訂及核釋。
聯絡電話：02-33567408
營業彙編科
負責營業基金預算籌編及綜整作業，以及行政院、財政部、衛生福利部、勞動部、科技部等主管國營事業、非營業特種基金預算核編及執行事項。
聯絡電話：02-33567410
經濟事業科
負責經濟部、財政部、文化部、原子能委員會、故宮博物院、原住民族委員會、公平交易委員會、考選部等主管國營事業、非營業特種基金預算核編及執行事項、已結束營業之國營事業清理作業情形彙整。
聯絡電話：02-33567417
作業彙編科
負責非營業特種基金預算籌編及綜整作業，以及教育部、衛生福利部、農業委員會、退除役官兵輔導委員會、金融監督管理委員會等主管國營事業、非營業特種基金預算核編及執行事項。
聯絡電話：02-33567424 >
綜合業務科
負責交通部、國防部、財政部等主管國營事業、非營業特種基金預算核編及執行事項，以及本處行政事務、預算編製及執行、研考與內部控制等事宜。
聯絡電話：02-33567435
法人預算科
負責行政院、內政部、法務部、環保署、教育部體育署、國家通訊傳播委員會等主管非營業特種基金預算核編及執行等事宜；信託基金、行政法人及政府捐助之財團法人預算送審及相關案件研析；縣（市）政府附屬單位預算之籌編及執行相關事宜。
聯絡電話：02-33567454